lib/bitsig.c

   1 /*
   2  *      UCW Library -- Bit Array Signatures -- A Dubious Detector of Duplicates
   3  *
   4  *      (c) 2002 Martin Mares <mj@ucw.cz>
   5  *
   6  *      Greatly inspired by: Faloutsos, C. and Christodoulakis, S.: Signature files
   7  *      (An access method for documents and its analytical performance evaluation),
   8  *      ACM Trans. Office Inf. Syst., 2(4):267--288, Oct. 1984.
   9  *
  10  *      This data structure provides a very compact representation
  11  *      of a set of strings with insertion and membership search,
  12  *      but with a certain low probability it cheats by incidentally
  13  *      reporting a non-member as a member. Generally the larger you
  14  *      create the structure, the lower this probability is.
  15  *
  16  *      How does it work: the structure is just an array of M bits
  17  *      and each possible element is hashed to a set of (at most) L
  18  *      bit positions. For each element of the represented set, we
  19  *      set its L bits to ones and we report as present all elements
  20  *      whose all L bits ar set.
  21  *
  22  *      Analysis: Let's assume N items have already been stored and let A
  23  *      denote L/M (density of the hash function). The probability that
  24  *      a fixed bit of the array is set by any of the N items is
  25  *      1 - (1-1/M)^(NL) = 1 - ((1-1/M)^M)^NA = approx. 1 - e^-NA.
  26  *      This is minimized by setting A=(ln 2)/N (try taking derivative).
  27  *      Given a non-present item, the probability that all of the bits
  28  *      corresponding to this item are set by the other items (that is,
  29  *      the structure gives a false answer) is (1-e^-NA)^L = 2^-L.
  30  *      Hence, if we want to give false answers with probability less
  31  *      than epsilon, we take L := -log_2 epsilon, M := 1.45*N*L.
  32  *
  33  *      Example: For a set of 10^7 items with P[error] < 10^-6, we set
  34  *      L := 20 and M :=  290*10^6 bits = cca 34.5 MB (29 bits per item).
  35  *
  36  *      We leave L and an upper bound for N as parameters set during
  37  *      creation of the structure. Currently, the structure is limited
  38  *      to 4 Gb = 512 MB.
  39  *
  40  *      This software may be freely distributed and used according to the terms
  41  *      of the GNU Lesser General Public License.
  42  */
  43
  44 #include "lib/lib.h"
  45 #include "lib/bitsig.h"
  46 #include "lib/md5.h"
  47
  48 #include <string.h>
  49
  50 struct bitsig {
  51   uns l, m, n, maxn, max_m_mult;
  52   u32 hash[4];
  53   uns hindex;
  54   byte array[0];
  55 };
  56
  57 struct bitsig *
  58 bitsig_init(uns perrlog, uns maxn)
  59 {
  60   struct bitsig *b;
  61   u64 m;
  62   uns mbytes;
  63
  64   m = ((u64) maxn * perrlog * 145 + 99) / 100;
  65   if (m >= (u64) 1 << 32)
  66     die("bitsig_init: bitsig array too large (maximum is 4 Gb)");
  67   mbytes = (m + 7) >> 3U;
  68   b = xmalloc(sizeof(struct bitsig) + mbytes);
  69   b->l = perrlog;
  70   b->m = m;
  71   b->n = 0;
  72   b->maxn = maxn;
  73   b->max_m_mult = (0xffffffff / m) * m;
  74   bzero(b->array, mbytes);
  75   log(L_DEBUG, "Initialized bitsig array with l=%d, m=%u (%u KB), expecting %d items", b->l, b->m, (mbytes+1023)/1024, maxn);
  76   return b;
  77 }
  78
  79 void
  80 bitsig_free(struct bitsig *b)
  81 {
  82   xfree(b);
  83 }
  84
  85 static void
  86 bitsig_hash_init(struct bitsig *b, byte *item)
  87 {
  88   struct MD5Context c;
  89
  90   MD5Init(&c);
  91   MD5Update(&c, item, strlen(item));
  92   MD5Final((byte *) b->hash, &c);
  93   b->hindex = 0;
  94 }
  95
  96 static inline uns
  97 bitsig_hash_bit(struct bitsig *b)
  98 {
  99   u32 h;
 100   do
 101     {
 102       h = b->hash[b->hindex];
 103       b->hash[b->hindex] *= 3006477127U;
 104       b->hindex = (b->hindex+1) % 4;
 105     }
 106   while (h >= b->max_m_mult);
 107   return h % b->m;
 108 }
 109
 110 int
 111 bitsig_member(struct bitsig *b, byte *item)
 112 {
 113   uns i, bit;
 114
 115   bitsig_hash_init(b, item);
 116   for (i=0; i<b->l; i++)
 117     {
 118       bit = bitsig_hash_bit(b);
 119       if (!(b->array[bit >> 3] & (1 << (bit & 7))))
 120         return 0;
 121     }
 122   return 1;
 123 }
 124
 125 int
 126 bitsig_insert(struct bitsig *b, byte *item)
 127 {
 128   uns i, bit, was;
 129
 130   bitsig_hash_init(b, item);
 131   was = 1;
 132   for (i=0; i<b->l; i++)
 133     {
 134       bit = bitsig_hash_bit(b);
 135       if (!(b->array[bit >> 3] & (1 << (bit & 7))))
 136         {
 137           was = 0;
 138           b->array[bit >> 3] |= (1 << (bit & 7));
 139         }
 140     }
 141   if (!was && b->n++ == b->maxn+1)
 142     log(L_ERROR, "bitsig: Too many items inserted, error rate will be higher than estimated!");
 143   return was;
 144 }
 145
 146 #ifdef TEST
 147
 148 #include <stdio.h>
 149 #include <stdlib.h>
 150
 151 int main(int argc, char **argv)
 152 {
 153   struct bitsig *b = bitsig_init(atol(argv[1]), atol(argv[2]));
 154   byte buf[1024];
 155
 156   while (fgets(buf, 1024, stdin))
 157     printf("%d\n", bitsig_insert(b, buf));
 158
 159   return 0;
 160 }
 161
 162 #endif